绝大多数去中心化交易所都需要收取交易手续费，只是收费模式、费率高低和收费对象与中心化交易所存在明显区别，并不存在完全零成本运行的去中心化交易平台。去中心化交易所依靠链上合约自动执行交易撮合，整个过程没有第三方中介机构管控资金，但区块链网络本身运行以及流动性提供者的服务都需要相应成本，这些成本最终都会以不同形式分摊给参与交易的用户，只是很多平台不会直接标注交易服务费，容易让新手产生零手续费的错觉。
去中心化交易所手续费主要分为两大组成部分，第一部分是公链网络的矿工费，也被称作gas费，这部分费用并不归交易所所有，而是支付给负责打包链上交易节点的验证者，只要进行转账、兑换等链上操作就无法免除。不同公链网络拥堵程度不同，gas费用波动差距极大，网络高峰期单笔交易手续费会大幅上升，网络空闲时期费用则会降到较低水平，这笔费用是所有去中心化交易操作必然产生的支出，平台没有权限进行减免或者取消。
第二部分是DEX交易滑点与流动性手续费，这是DEX平台专属的费用，由流动性池规则设定，用户兑换代币时，按照资金池的自动做市算法，会抽取一定比例的交易金额作为报酬分给流动性提供者。主流公链之上的头部去中心化交易所，流动性费率大多设定在0.1%到0.5%区间，不同代币交易对费率会有所区分，高波动、低流动性的交易对费率会更高，部分平台还会推出持有平台代币抵扣手续费的规则，持有平台原生代币可以降低流动性手续费比例，部分场景下甚至能做到免除此项费用。
还有一部分隐性成本容易被忽略，就是交易滑点产生的差额成本，去中心化交易所依靠资金池自动撮合，无法做到中心化交易所那样精准的限价成交，大额交易时代币价格会出现明显偏移，这部分价差本质上也属于额外支出。很多DEX界面只显示基础费率，不会提前展示滑点带来的成本，小额交易下滑点可以忽略不计，但大额兑换资产时，滑点造成的成本甚至会高于原本设定的流动性手续费，资深交易者都会提前设置滑点容忍值来控制这部分支出。
市面上少数宣称零手续费的去中心化交易所，只是免除了流动性提供者分成的交易费率，链上gas矿工费依旧需要用户自行承担，并且这类平台往往会通过代币发行、挖矿奖励等其他方式回收成本，部分小众DEX还会在提现、添加流动性等附加操作中增设隐藏费用。想要完全避开所有费用只在去中心化交易所进行代币兑换基本无法实现，交易者可以根据公链选择、交易金额大小挑选费率更低的资金池，搭配平台代币优惠政策来整体降低交易产生的各项成本。
